O PMPSU possui as seguintes comissões que auxiliam a gestão (coordenação) do PMPSU:
Colegiado de Coordenação Didática
Comissão de Gestão Acadêmica
Comissão de Gestão de Convênios
Comissão de Avaliação e Planejamento Estratégico
Programa de Pós-Graduação em